Visualización molecular ~~ Angel Herráez ~~ Molecular visualization

Cómo utilizar Jmol para estudiar y presentar estructuras moleculares

El propósito del libro es recopilar y organizar información sobre el uso del programa informático Jmol (v. 11.2.x), un visualizador interactivo de modelos moleculares tridimensionales. Pretende ser a un tiempo una guía para principiantes y un manual de consulta y de profundización para usuarios más avezados. Puede ser aprovechado por profesores, autores de materiales docentes o de divulgación, alumnos, investigadores y administradores o diseñadores de portales de información.

En lugar de una descripción sistemática y pormenorizada de cada una de las posibles operaciones e instrucciones disponibles en Jmol, se ha optado por organizar el libro en secciones para un aprendizaje y profundización progresivos, por etapas. Se comienza por las instrucciones más sencillas de usar y que previsiblemente se van a necesitar con más frecuencia, para progresivamente ir avanzando hacia las instrucciones que se usarán más raramente, o se aplican sólo en campos específicos, o bien son más difíciles de comprender y utilizar. Asimismo, cuando algo puede conseguirse de múltiples formas se describe una sola, recomendada, por simplicidad.

El libro contiene secciones dedicadas a quienes sólo precisen un uso ocasional y básico del programa, otra más avanzada que explica cómo sacar provecho al lenguaje de instrucciones –subdividida en dos niveles y que continúa en el volumen 2– y, finalmente, una sección que sólo necesitará quien esté interesado en la preparación de páginas web para presentar modelos a terceros –subdividida en tres niveles–. Finalmente, se incluyen algunos apéndices, dedicados a los colores usados por Jmol, un índice de instrucciones, un glosario y un listado de direcciones de referencia en internet, incluyendo la de la sede web creada para acompañar a este libro.

How to use Jmol to study and present molecular structures

The purpose of this book is to collect and organize information on the use of Jmol software (v. 11.2.x), an interactive viewer for 3-dimensional molecular models. It aims to be at the same time a tutorial for beginners and a handbook for reference and deepening for more skilled users. It may be of profit for instructors, authors of teaching or popularization material, students, researchers and information portal administrators or designers.

Rather than a systematic and detailed description of every possible operations and commands available in Jmol, a decision has been made to layout the book divided in sections for a gradual learning curve. Starting with the most simple and more often needed commands, progress is made towards more rarely used commands, or those applied only in specific fields, or those more difficult to understand or use. Additionally, when something can be achieved in several ways only one is described and recommended, for simplicity.

The book contains sections addressed to those who only need occasional and basic use of the software, another more advanced that explains how to take advantage of the command language –split into two levels and further continued on Volume 2– and, finally, a section only needed by those interested on preparing web pages to present models to others –divided up in three levels–. Finally, some apendixes anre included, dealing with colors used by Jmol, a command index, a glossary and a listing of reference addresses in internet, including that of the companion website for this book.

Es técnicamente posible crear versiones personalizadas del libro, utilizando el sistema de impresión bajo demanda de Lulu.

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